Gewasdata analyseren, zonder zelf programmeren
Geplaatst op 22 december 2023
Het Netherlands Plant Eco-phenotyping Centre (NPEC) is een onderzoekscentrum gespecialiseerd in plantfenotypering. Het doel is dat grote hoeveelheden planten snel en nauwkeurig beoordeeld kunnen worden hoe planten reageren op hun omgeving. In zes verschillende modules - zoals een kas en klimaatcellen - kunnen onderzoekers eigenschappen van gewassen in kaart brengen. NPEC is een initiatief van Wageningen University & Research (WUR) en Utrecht University (UU) en wordt gefinancierd door de NederlandseOrganisatie voorWetenschappelijk Onderzoek (NWO).
WUR organiseerde begin november binnen het project ‘PPP Phenotyping 4 Profit (P4P)’ een werksessie waarbij deelnemers met hulp van een Jupyter Notebook (een web-based platform) zelf aan de slag gingen met NPEC-data hoe verschillende rassen van zowel cyclamen, als pindaplanten en tomaten reageren op plantenziektes. De data was afkomstig van zowel de betrokken bedrijven als Wageningse onderzoekers. Een Jupyter Notebook neemt de gebruiker stapsgewijs mee in het ontwikkelen van brokjes code, in de programmeertaal Python, om data te interpreteren: hierdoor ziet de gebruiker zowel de code als het resultaat direct op zijn of haar scherm.
Al tijdens de sessie konden deelnemers zelf trends in hun data ontdekken, onder meer over ziektesymptomen bij het valideren van nieuwe rassen. De deelnemers waren dan ook zeer enthousiast over de werksessie. Daarom zal WUR komend jaar vaker dergelijke werksessies organiseren. Die zullen telkens in het teken staan van een nieuwe discipline binnen het NPEC, zoals spectral imaging en 3D data-analyse.
